Sabtu, 18 Agustus 2018

Di belakang bangku

Teknologi anak bangsa -- Di belakang bangkuAl.Dia terutama bertanggung jawab untuk serologi infeksi, virologi dan departemen mikrobiologi molekuler.Dia adalah anggota aktif dari Masyarakat Belgia untuk Mikrobiologi dan penyakit Infeksi.Dia menggabungkan kegiatan ini dengan PhD yang berfokus pada identifikasi patogen pernafasan menggunakan pendekatan sindrom dan telah mengembangkan pernapasan khusus TaqMan® Array Card.

Teknologi anak bangsa -- Kami duduk bersama Deborah untuk memahami perbedaan antara metode konvensional dan molekuler untuk mendeteksi patogen dan bagaimana Custom Array Card TaqMan® mereka membantu mereka dengan identifikasi patogen untuk proyek-proyek penelitian.Metode konvensional vs metode berbasis molekul - Keluar dengan yang lama, dengan SWATI baru: Bisakah Anda ceritakan sedikit tentang riset Anda.DEBORAH: Ketika saya tiba di rumah sakit Erasme-ULB pada September 2014, sudah ada kemauan untuk meningkatkan strategi lab untuk penyakit pernapasan, khususnya untuk patogen virus.Kami masih menggunakan banyak metode konvensional dengan licakupan patogen yang ditiru, sensitivitas terbatas dan / atau waktu perputaran yang panjang.

Teknologi anak bangsa -- Jadi kami ingin meningkatkan strategi kami bergerak maju ke metode berbasis molekul yang mencakup lebih banyak patogen pernafasan dengan sensitivitas yang lebih tinggi dan waktu perputaran yang lebih pendek.SWATI: Itu hebat.Dapatkah Anda memberi tahu saya sedikit tentang metode tradisional yang saat ini digunakan di beberapa lab.DEBORAH: Untuk virus pernapasan, kami melakukan tes fluorescent antibody (DFA) langsung dan kultur viral yang cepat untuk semua sampel, kultur virus konvensional dengan dua jalur sel suplemen (A549 dan MRC-5) untuk sampel bronchoaveolar dan kemudian tentu saja kami juga melakukan bakteri dan budaya jamur.

Teknologi anak bangsa -- Dengan DFA, kami mencari virus Influenza A dan B, Virus Pernapasan Sinkrit (RSV), Virus Parainfluenza (PIV) 1, 2, dan 3, Human Metapneumovirus (hMPV) dan Adenovirus.Budaya virus cepat memungkinkan deteksi virus yang sama kecuali untuk hMPV dan kultur virus konvensional hanya dilakukan untuk sampel BAL untuk tambahanct Herpesviruses (CMV, HSV, VZV).Jadi Anda melihat ruang lingkup, jumlah patogen yang berbeda yang dapat kami identifikasi dengan metode skrining tradisional kami benar-benar rendah.Pergi ke metode berbasis molekul yang memungkinkan pendekatan syndromic akan memungkinkan kita untuk mencari lebih dari 30 patogen pernapasan yang berbeda sekaligus yang sangat besar dan yang akan menjadi keuntungan besar di masa depan.

Teknologi anak bangsa -- SWATI: Ini harus mempercepat waktu Anda dalam hal melihat enam patogen sekaligus versus 24 atau lebih, kan.DEBORAH: Ya karena sekarang semua orang bekerja dengan cara “berbasis tes” dan dengan itu saya maksud bahwa dokter melakukan pemeriksaan klinis dan berdasarkan diagnosis bandingnya, jika diperlukan, dia akan meminta tes.Jika tes kembali negatif, ia akan melangkah lebih jauh dan menguji patogen lainnya.Tetapi itu berarti butuh lebih banyak waktu untuk memahami situasi dan metode sindrome di masa depan akan menjadi langkah maju yang besar.

Teknologi anak bangsa -- SWATI: Virus bisa sangat mirip satu sama lain ekhususnya ketika mereka cenderung berevolusi.Jadi apa kekhususan terlihat seperti metode konvensional, seperti antibodi atau kultur virus dibandingkan dengan teknik molekuler.DEBORAH: Saya pikir spesifisitas sebenarnya bukan masalah untuk metode konvensional.Saya pikir masalah utamanya adalah terbatasnya jumlah patogen yang tercakup dan kepekaan karena tidak hanya Anda membutuhkan teknisi laboratorium yang sangat berpengalaman yang membaca gambar mikroskopis ini dan itu benar-benar tidak mudah saya dapat memberi tahu Anda.

Teknologi anak bangsa -- Kualitas sampel Anda juga sangat menentukan untuk sensitivitas.Mengambil pendekatan multi-panel - Patogen ke fenotipe terkait SWATI: Jadi bagaimana pendekatan multi panel membantu untuk memandu pemahaman Anda saat ini tentang masalah patogen dan kemungkinan fenotipe terkait.DEBORAH: Seperti yang telah dibahas, jumlah patogen yang dapat dideteksi akan meningkat secara signifikan dengan menggunakan panel syndromic dan akan ada kurva pembelajaran yang hebat tidak hanya untuk ahli mikrobiologi, tetapi juga para klinisi masa depan yang menafsirkan data.Tidak ada cukup pengetahuan dalam literatur tentang prevalensi beberapa patogen ini pada pasien tanpa gejala.Jika Anda menguji Anda dan saya misalnya, kita mungkin menemukan Rhinovirus atau virus apa pun dan informasi tentang "kereta" ini pada orang yang sehat sangat penting karena itu akan membantu kami menginterpretasikan hasilnya.

Teknologi anak bangsa -- Kami sudah mengerjakan penelitian yang berjalan seperti itu karena itu benar-benar sesuatu yang hilang dalam literatur dan saya pikir pemahaman kami saat ini hanya akan meledak begitu kami mulai menggunakan panel besar ini secara rutin.SWATI: Tentu saja.Ya dan saya setuju dengan Anda tentang, individu tanpa gejala karena banyak waktu, bahkan dengan penyakit menular seseorang mungkin terinfeksi dan ada spektrum fenotipe di mana seseorang dapat menunjukkan fenotip ekstrim versus yang lain yang tidak menunjukkan apa-apa.Jadi bagaimana Anda memahami spektrum itu secara umum.

Teknologi anak bangsa -- DEBORAH: Tentu saja, dan itu sebabnya kami juga fokus pada individu yang tidak berkompromi karena pada dasarnya mereka have (secara teoritis dan juga terbukti bahwa mereka memiliki) kemungkinan lebih besar mengembangkan infeksi.Virus dasar yang biasanya menyebabkan seperti mengendus selama dua hari pada individu yang sehat dapat turun ke pneumonia dan bahkan kematian pada individu yang dikompromikan immuno.SWATI: Tentu saja, karena, sistem kekebalan mereka dikompromikan sehingga tidak ada cara bagi mereka untuk melawan, tetapi kita perlu memahami skenario itu jadi itu pasti sangat penting.Mempelajari patogen pernapasan - Apa fokus penelitian Anda.

Teknologi anak bangsa -- SWATI: Bisakah Anda ceritakan sedikit tentang kriteria inklusi Anda untuk penelitian Anda.DEBORAH: Kami memilih untuk berkonsentrasi pada sampel dari orang dewasa yang dikompromikan immuno.Itu adalah populasi di mana sebagian besar keuntungan diharapkan karena alasan yang disebutkan sebelumnya.Kami mengumpulkan informasi tentang fenotipe, jenis penekanan kekebalan; apakah mereka memiliki vaksinasi flu atau tidak dan seterusnya.

Teknologi anak bangsa -- SWATI: Jadi ketika Anda mengumpulkan sampel, apa yang sebenarnya Anda kumpulkan dan bagaimana kualitas sampelnya.DEBORAH: Koleksi berasal dari hidung-tenggorokan swab, aspirasi faring hidung dan sampel alveolar broncho juga.Sampel sputum sebenarnya diterima untuk kultur bakteri, tetapi tidak untuk identifikasi virus dan bukan untuk metode berbasis molekul.Soal kualitas sampel, jadi pertama-tama yang tergantung pada jenis sampel dan kemudian juga pada metode yang digunakan.

Teknologi anak bangsa -- Kualitas sampel sangat penting untuk metode tradisional tetapi kurang penting untuk teknik molekuler karena mereka hanya mencari DNA dan / atau RNA yang ada dalam sampel sehingga bakteri, virus atau patogen jamur sudah dapat mati ketika Anda masih mengidentifikasi mereka.Menafsirkan hasil - Membawa dalam pendekatan multi-disiplin dengan beberapa ahli SWATI: Benar, benar, benar.Ini mencari keberadaan patogen spesifik DEBORAH: Ya, tentu saja itu juga membuat interpretasi hasil dari teknik molekuler agak lebih sulit karena belum tentu benar bahwa jika Anda menemukan DNA dan / atau RNA dari suatupatogen tertentu dalam sampel Anda yang artinya patogen hidup.Bisa juga kolonisasi atau bahkan kontaminasi, tetapi seperti yang disebutkan sebelumnya, itu adalah sesuatu yang harus dibangun oleh pengalaman besar.

Teknologi anak bangsa -- Selain itu, setiap hasil harus dilihat berdasarkan hasil lain dan informasi yang dikumpulkan, dll.Jadi sangat penting untuk berinteraksi dan berkolaborasi dengan para ahli dari beberapa bidang yang berbeda untuk menginterpretasikan hasil penelitian.SWATI: Tentu saja.Maksud saya, saya pikir itu sangat penting dan senang mendengar bahwa ada beberapa jenis ilmuwan atau pakar di bidang yang terlibat dalam jenis penggambaran jika ada infeksi tertentu atau tidak.

Teknologi anak bangsa -- DEBORAH: Ini adalah pendekatan multi-disipliner jika Anda mau, ya, itu juga tim yang benar-benar berkolaborasi dengan erat.SWATI: Untuk melakukan panggilan itu.DEBORAH: Ya.Mengapa menggunakan lebih dari satu probe ketika mendeteksi patogen - Studi kasus SWATI: Jadi, kita mendengar tentang bakteri resisten antibiotik sepanjang waktu dan virus berevolusiution.

Teknologi anak bangsa -- Karena mikroba yang mungkin terus berevolusi, dengan teknik molekuler atau panel yang Anda gunakan, bagaimana Anda dapat berubah dan apakah Anda dapat mendeteksi mikroba yang berevolusi.DEBORAH: Pertanyaan Anda sebenarnya sangat menarik dan saya rasa ada beberapa jawaban.Pertama-tama saya percaya identifikasi multi-target, yang berarti termasuk beberapa target gen untuk satu patogen adalah penting.Jadi itu berarti, ketika kita ingin mendeteksi virus Influenza A misalnya, tidak termasuk hanya satu tapi mungkin dua, tiga atau empat probe PCR yang berbeda.

Teknologi anak bangsa -- Saya dapat merujuk pada ulasan yang telah kami terbitkan untuk menyoroti pentingnya pengujian multi-target dalam mikrobiologi molekuler.Kami tidak hanya meninjau kasus yang diterbitkan dalam literatur, tetapi juga beberapa kasus negatif palsu yang ditemukan di lab tempat saya bekerja saat itu.Hanya menggunakan satu target untuk satu patogen telah terbukti berbahaya karena mikroba ini dan terutama virus RNA berubah secara konstan dengan risikohasil negatif palsu2.Salah satu contoh, yang benar-benar membuat saya berhalusinasi pertama kali saya membacanya, adalah kasus Chlamydia trachomatis.

Teknologi anak bangsa -- Sebenarnya di Swedia mereka melihat penurunan prevalensi patogen ini.Ini adalah penyebab umum STD, jadi mereka pikir orang muda kita melindungi diri mereka sendiri ketika berhubungan seks.Namun faktanya, bertahun-tahun kemudian, mereka menemukan bahwa galur tersebut telah bermutasi dan karena itu terlewatkan oleh metode komersial penting yang digunakan di sebagian besar laboratorium di sana.Jadi versi mutasi dari patogen itu tidak diketahui (dan tidak diobati) dan menyebar ke seluruh Eropa.

Teknologi anak bangsa -- Jadi ya itulah bagian pertama dari jawaban saya atas pertanyaan ini, Teknologi anak bangsa berubah secara Teknologi anak bangsa karena Darwin tidak pernah tidur.Tetapi yang juga penting adalah bahwa patogen "baru" pasti akan ditemukan di masa depan.Itu hanya sekitar 2000 bahwa Metapneumovirus Manusia ditemukan.Jadi mungkin pada tahun 2017 virus pernafasan penting lainnya akan ditemukan dan sangat penting untuk memiliki metode yang memungkinkan flexibil yang hebatity yang dapat dengan cepat diadaptasi untuk memasukkan patogen yang baru ditemukan ini.

Teknologi anak bangsa -- SWATI: Itu menarik.Saya sudah tentu mendengar tentang identifikasi multi-target, tetapi contoh ini menunjukkan kepada Anda nilai sebenarnya dari memiliki kemampuan untuk menggunakan pendekatan semacam itu.DEBORAH: Ya.Tentu saja Anda harus praktis.

Teknologi anak bangsa -- Ini adalah pendekatan serupa yang kami ambil dalam panel kami yang kami kembangkan bekerja sama dengan Thermo Fisher Scientific, tentu saja kami tidak dapat melakukan identifikasi multi-target untuk setiap target karena itu akan membatasi jumlah patogen yang dapat kami masukkan pada panel.Jadi itu adalah pilihan yang sangat seimbang dan tentu saja untuk patogen pernapasan paling penting kami akan menyertakan lebih dari satu target.Pelajaran utama lain dari tinjauan ini adalah pentingnya mengetahui tes Anda dan memantau tes Anda untuk memastikan hasil yang berkualitas - apakah masih berfungsi atau kita tidak kehilangan sesuatu.Jadi itu benar-benar upaya berkelanjutan yang harus dilakukan, untuk memastikan deteksi yang baik.

Teknologi anak bangsa -- Bagaimana denganity yang dapat dengan cepat diadaptasi untuk memasukkan patogen yang baru ditemukan ini.SWATI: Itu menarik.Saya sudah tentu mendengar tentang identifikasi multi-target, tetapi contoh ini menunjukkan kepada Anda nilai sebenarnya dari memiliki kemampuan untuk menggunakan pendekatan semacam itu.DEBORAH: Ya.

Teknologi anak bangsa -- Tentu saja Anda harus praktis.Ini adalah pendekatan serupa yang kami ambil dalam panel kami yang kami kembangkan bekerja sama dengan Thermo Fisher Scientific, tentu saja kami tidak dapat melakukan identifikasi multi-target untuk setiap target karena itu akan membatasi jumlah patogen yang dapat kami masukkan pada panel.Jadi itu adalah pilihan yang sangat seimbang dan tentu saja untuk patogen pernapasan paling penting kami akan menyertakan lebih dari satu target.Pelajaran utama lain dari tinjauan ini adalah pentingnya mengetahui tes Anda dan memantau tes Anda untuk memastikan hasil yang berkualitas - apakah masih berfungsi atau kita tidak kehilangan sesuatu.

Teknologi anak bangsa -- Jadi itu benar-benar upaya berkelanjutan yang harus dilakukan, untuk memastikan deteksi yang baik.Bagaimana denganEnterovirus assay, kami tahu itu adalah Rhinovirus yang pada dasarnya sedikit diambil oleh uji Enterovirus.Jadi, dapat sangat membantu untuk memiliki nilai Ct dan data mentah ini untuk menginterpretasikan hasil Anda dalam kasus deteksi beberapa organisme.Seperti apa alur kerjanya.

Teknologi anak bangsa -- - Peningkatan dan alur kerja SWATI: Dan kembali ke sampel Anda dan alur kerja Anda berapa lama alur kerja dan berapa banyak sampel yang dapat Anda jalankan pada saat tertentu.DEBORAH: Baik untuk DFA dibutuhkan sekitar dua jam, budaya yang cepat membutuhkan waktu hingga 48 hingga 72 jam dan budaya konvensional membutuhkan waktu hingga tiga minggu, tetapi teknologi TaqMan Array Card (TAC) sendiri membutuhkan waktu sekitar satu jam dari pengaturan kartu dan analisis data.Namun, ekstraksi DNA dan DNA terpisahuntuk pengujian pernapasan saya memulai dengan studi komparatif besar dari banyak sistem molekuler yang tersedia di pasar.Kriteria utama adalah jumlah target, sistem terbuka versus dekat, waktu penyelesaian, kerumitan teknis dan biaya.

Teknologi anak bangsa -- Alasan utama untuk memilih teknologi TAC adalah fleksibilitas yang luar biasa.Misalnya pilihan patogen, pilihan, dan jumlah target utama per patogen untuk dimasukkan dalam kartu, itu sangat bagus karena komposisi kartu dapat dipilih sehubungan dengan sampel yang kami pelajari.Karena kami bekerja dengan banyak sampel dari individu yang dikompromikan immuno, panel yang tersedia secara komersial tidak selalu selalu melihat patogen yang kami cari untuk kelompok populasi spesifik kami.Deborah Steensels dengan timnya di Rumah Sakit Universitas Erasme Keuntungan lainnya adalah pemisahan spasial dari 48 reaksi, yang memungkinkan pengujian dapat dengan mudah diubah tanpa memerlukan pengoptimalan ulang dan verifikasi yang ekstensif.kation tes yang sangat multiplexing.

Teknologi anak bangsa -- Jadi ini juga bisa membantu masuknya patogen baru atau patogen baru yang cepat atau patogen yang bermutasi, yang juga sangat penting menurut saya.Teknologi ini menggunakan PCR Real-Time yang menghasilkan nilai Ct semi-kuantitatif untuk setiap target yang terpisah, jadi ini juga seperti yang saya katakan alat penting untuk memiliki interpretasi yang memadai dan benar dari hasil dan khususnya dalam kasus koinfeksi.Kemudian Anda menambahkan kesederhanaan alur kerja - Anda tidak perlu robotika karena reagen untuk setiap pengujian sebelumnya telah diidentifikasi sebelumnya dalam sumur reaksi dan karena ekstrak asam nukleat hanya perlu ditambahkan satu kali.Setelah kami memutuskan teknik ini adalah yang paling cocok untuk lab kami dan sampel yang kami pelajari, kami menghubungi rekan-rekan kami dari rumah sakit St-Jan Brugge-Oostende yang sudah bekerja dengan teknik ini dan mereka dengan senang hati menyambut kami di lab mereka untuk menunjukkan kami rutinitas mereka dan mereka memungkinkan kami untuk terbiasa dengan teknik menggunakan TaqM pernapasan merekakartu Array.

Teknologi anak bangsa -- Kami menggunakan kartu-kartu ini, yang dikembangkan dan diverifikasi oleh Cambridge dan Bruges untuk studi pertama kami yang diterbitkan tahun lalu.Kami belajar untuk bekerja dengan teknik ini.Kami bahkan lebih antusias setelah melakukan penelitian ini dan setelah melihat hasilnya dan melihat betapa mudahnya melakukan.Saya pikir ada minat yang besar dari berbagai laboratorium pada teknik semacam ini.

Teknologi anak bangsa -- Membuat database dari semua tes penelitian yang diverifikasi - Menghentikan penemuan kembali roda DEBORAH: Sekarang Anda harus tahu bahwa tidak semua lab memiliki kemungkinan dan memiliki pengetahuan bagaimana bisa mengembangkan tes mereka sendiri dan melakukan penelitian besar untuk memverifikasi tes, yang tidak hanya memakan waktu, tetapi juga mahal.Saya pikir pembuatan database untuk banyak lambang menular berbeda dengan tes diverifikasi dari mana pelanggan dapat memilih untuk membuat kartu mereka sendiri, akan sangat menarik bagi banyak laboratorium dan yang akan membuka aksesibilitas teknologi.Jadi itu mimpi saya.SWATI: So kemampuan untuk menyesuaikan.

Teknologi anak bangsa -- DEBORAH: Jika saya bisa memilih ke mana ia pergi, itu akan menjadi pembuatan database besar yang mengambil bersama-sama semua tes diverifikasi ini, tidak hanya tes yang kita berkolaborasi, tetapi juga mereka dari lab lain yang bekerja dengan teknologi dan untuk sindrom infeksi lain seperti gastro-enteritis, STD, dll.Itu hanya akan sangat besar karena akan menyedihkan untuk mengulangi semua pekerjaan yang telah dilakukan oleh beberapa rekan kami dan itu benar-benar pekerjaan yang baik, Anda tahu.SWATI: Tentu saja.Saya pikir, Anda tahu, pada akhir hari Anda ingin membantu mendorong penelitian secepat mungkin tanpa harus menemukan kembali roda itu lagi dan lagi.

Teknologi anak bangsa -- Jadi itu pasti akan membantu.DEBORAH: Ya, tepatnya.Pelatihan dan aplikasi - Menyiapkan pengujian untuk penggunaan rutin Anda berbicara tentang bagaimana kolaborator membantu Anda memahami teknologi dan membiarkan Anda bermain dengannya, betapa rumitnya perkenalan teknologi ini ke dalam alur kerja Anda saat ini diinstitusi kita.Apakah mudah untuk mengintegrasikan mereka atau apakah perlu sedikit waktu atau apakah ada batasan atau tantangan lain yang harus Anda hadapi.

Teknologi anak bangsa -- DEBORAH: Berdasarkan pengalaman kami selama dua musim dingin terakhir, pengenalan teknologi ini tidak rumit sama sekali.Seperti yang dikatakan sebelumnya, Anda mungkin harus beradaptasi dengan alur kerja ekstraksi Anda, tetapi melakukan teknologi kartu ini sangat sederhana dan saya tidak melihat ada masalah dalam mengintegrasikan atau mengenalkannya.Kami mencoba untuk menjaga harga serendah mungkin untuk setiap sampel, dengan cara itu kami dapat mempelajari lebih banyak sampel.SWATI: Jadi apa selanjutnya untuk pekerjaan Anda.

Teknologi anak bangsa -- DEBORAH: Sebenarnya kami sekarang sedang menyelesaikan dua penelitian besar lainnya menggunakan TAC yang dikembangkan dan diverifikasi oleh Rumah Sakit Universitas Cambridge dan rumah sakit di Brugge.Salah satunya sedang ditinjau untuk publikasi dan yang lainnya adalah studi multi-pusat epidemiologi yang sangat besar sehingga akan memakan waktu lebih lama untuk menulis semuanya, tetapi semua hasilnya ada di sana.Dan tentu saja yang terakhirtetapi jelas tidak sedikit kami sedang mengerjakan pengembangan dan verifikasi dari Array Card TaqMan pernapasan kami sendiri bekerja sama dengan Thermo Fisher Scientific dan kami sekarang menyelesaikan fase 2 (verifikasi analitis dari tes dalam format Array Card TaqMan), jadi kami berharap bahwa kami akan siap untuk musim dingin mendatang.Untuk mempelajari lebih lanjut tentang kartu array TaqMan® * kunjungi kami di sini Untuk pertanyaan tentang kartu Array Custom TaqMa®n kunjungi kami di sini Referensi: 1] “Pusat Kebijakan Kesehatan Global.” Penyakit Menular.

Teknologi anak bangsa -- Pusat Studi Strategis dan Internasional, n.d.Web.17 Agustus 2016.2] Steensels D, Vankeerberghen A, De Beenhouwer H: Menuju pengujian multitarget dalam mikrobiologi molekuler.Int J Microbiol 2013, 2013: 121057.

Teknologi anak bangsa -- * Hanya untuk Penggunaan Penelitian.Tidak untuk digunakan dalam prosedur diagnostik Bagikan artikel ini 514 Bagikan Facebook Linkedin Twitter Mail ASM Microbe 2016 - Pratinjau Microbe 2016 oleh American Society of Microbiology (ASM) b ...oleh Behind The Bench Staffification with TaqMan Array Cards Saatnya tahun ini lagi ...Musim flu telah dimulai ....

Teknologi anak bangsa -- oleh Gretchen Brune .

Tidak ada komentar:

Posting Komentar